Wygaśnięcie decyzji o wsparciu a rozliczenia podatkowe

Wygaśnięcie decyzji o wsparciu nie pozwala przesunąć poniesionych kosztów i strat do działalności opodatkowanej.

W przypadku pozyskania decyzji o wsparciu zachodzi konieczność odrębnego ustalenia wyniku podatkowego z działalności opodatkowanej oraz działalności zwolnionej z opodatkowania. Istotne jest to, że strata z działalności zwolnionej nie jest stratą podatkową w rozumieniu art. 7 ust. 5 ustawy o CIT.

W zakresie rozliczeń podatkowych związanych z decyzją o wsparciu mogą się pojawiać m.in. następujące wątpliwości:

• Czy stratę poniesioną z działalności zwolnionej z opodatkowania można uwzględnić w kalkulacji dochodu z działalności opodatkowanej?
• Co się dzieje ze stratą z działalności zwolnionej w związku z wygaszeniem decyzji o wsparciu?

Odpowiedź na te pytania pojawiła się w interpretacji indywidualnej z dnia 05.08.2026 r., sygn. 0111-KDIB1-3.4010.378.2026.1.MBD.

Sprawa dotyczyła podatnika, który wystąpił o realizację decyzji o wsparciu. W trakcie realizacji inwestycji okazało się że nie przynosi ona zysku. Spółka ponosiła stratę z działalności zwolnionej w latach 2023-2025. Ze względu na to Spółka wystąpiła o wygaszenie decyzji o wsparciu, co nastąpiło w 2026 r.

Z uwagi na powyższe, na moment zakończenia działalności zwolnionej podatnik miał kwotę kosztów alokowanych do działalności zwolnionej. Pytanie podatnika sprowadzało się do tego, czy w związku z wygaszeniem działalności zwolnionej będzie możliwe przyporządkowanie tych kosztów do działalności opodatkowanej, w tym również odliczenie poniesionej we wcześniejszym okresie straty z działalności zwolnionej.

Dyrektor KIS wskazał, że nie jest możliwa zmiana charakteru (przyporządkowania) kosztów, ze związanych z działalnością zwolnioną do działalności opodatkowanej. Nie jest więc możliwe odliczenie tych kosztów, od dochodów uzyskiwanych w ramach działalności opodatkowanej. Strata poniesiona z działalności zwolnionej z opodatkowania nie stanowi straty podatkowej, którą podatnik mógłby odliczyć od uzyskiwanego dochodu.

Warto w tym zakresie wskazać, że w obrocie prawnym funkcjonuje również interpretacja indywidualna z dnia 22.04.2025 r., sygn. 0111-KDIB1-3.4010.188.2025.1.DW. Zgodnie z tą interpretacją, w sytuacji poniesienia kosztów pośrednich związanych z działalnością zwolnioną z opodatkowania, powinny być one rozpoznane jako koszty podatkowe (działalności zwolnionej), dopiero w momencie uzyskania pierwszego przychodu z działalności zwolnionej z opodatkowania.

Interpretacja odnosiła się do następujących kosztów pośrednio związanych z działalnością zwolnioną:

• kosztów z tytułu usług świadczonych przez podmioty trzecie w zakresie doradztwa w procesie uzyskania instrumentu wsparcia w postaci DoW;
• kosztów ponoszonych na rzecz Specjalnej Strefy Ekonomicznej z tytułu opłat za usługi świadczone przez SSE na rzecz Spółki, w tym także opłaty administracyjne;
• kosztów pozyskania pozwoleń związanych z inwestycją;
• kosztów niskocennego oprogramowania;
• kosztów o charakterze administracyjnym, w tym wydatków na wyposażenie i zaopatrzenie biur oraz wydziałów;
• kosztów analizy projektowej;
• innych kosztów o charakterze pośrednim, dotyczących przygotowania nowej inwestycji.

Należy wskazać, że interpretacja ta nie ma oparcia w treści przepisów, które nie zawierają mechanizmu odroczenia kosztów o pośrednim charakterze, do momentu uzyskania przychodów. Takie koszty powinny być kosztem w momencie poniesienia kosztu. Jeżeli podatnik na ten moment ma wyłącznie przychody opodatkowane, to koszty również należy związać z działalnością opodatkowaną. Wyłącznie w przypadku kosztów bezpośrednich konieczne jest odroczenie tych kosztów do momentu uzyskania odpowiadających im przychodów – tym samym dzielą one byt danego przychodu. Takie zastrzeżenie nie występuje natomiast względem kosztów o pośrednim charakterze.

Należy wskazać, że obecne regulacje dotyczące pomocy publicznej, a więc Rozporządzenie Rady Ministrów z dnia 27 grudnia 2022 r. w sprawie pomocy publicznej udzielanej niektórym przedsiębiorcom na realizację nowych inwestycji (t.j. Dz. U. z 2025 r. poz. 108 z późn. zm.) odracza moment korzystania z pomocy publicznej, wskazując, że wsparcie przysługuje począwszy od miesiąca, w którym upłynął termin zakończenia inwestycji określony w decyzji o wsparciu.

Tak więc dopiero w miesiącu, w którym upłynie termin zakończenia inwestycji określony w decyzji o wsparciu podatnik może wykazywać dochody zwolnione. Konsekwencją tego byłoby również odroczenie momentu rozpoznania kosztu o pośrednim charakterze do tego momentu.

Przykład

Decyzja o wsparciu została wydana w maju 2023 r. Termin na zakończenie realizacji inwestycji określono na grudzień 2025 r. W konsekwencji dopiero od grudnia 2025 r. podatnik uzyskuje dochody zwolnione z opodatkowania. To zaś oznacza, że ewentualna wcześniejsza sprzedaż podatnika z działalności odpowiadającej decyzji o wsparciu, musi być opodatkowana (nawet jeżeli jest wykorzystywany nowy park maszynowy). Taki sam charakter muszą mieć koszty bezpośrednio związane z przychodami.

Jednocześnie zgodnie ze wskazaną interpretacją koszty ponoszone w latach 2023-2025 mające charakter kosztów pośrednich, ale związanych z działalnością zwolnioną mogą być rozpoznane dopiero w grudniu 2025, jako koszt działalności zwolnionej.

Mając na uwadze stanowisko DKIS oraz zakładając, ze podatnik wystąpiłby w międzyczasie o wygaszenie decyzji o wsparciu, np. w czerwcu 2025 r., istniałoby ryzyko, że poniesione dotychczas koszty o pośrednim charakterze nigdy nie staną się kosztami podatkowymi.