Przeksięgowanie zwrotu VAT jedynie na poczet podatków państwowych
W świetle przepisów Ordynacji podatkowej zobowiązanie podatkowe może zostać uregulowane m.in. poprzez zaliczenie (przeksięgowanie) nadpłaty w innym podatku. Pojęcie nadpłaty obejmuje także zwrot podatku VAT.
W praktyce przedsiębiorcy często korzystają z tej formy uregulowania podatku, wnioskując o zaliczenie zadeklarowanej do zwrotu kwoty VAT, lub jej części, na poczet innego zobowiązania podatkowego.
Aktualnie jest już wiadomym, że przeksięgowanie to może dotyczyć wyłącznie zobowiązań podatnika wobec budżetu państwa (m.in. VAT, CIT, PIT) i tym samym nie obejmuje podatków lokalnych. Kwestię tę rozstrzygnął NSA podejmując uchwałę z dnia 27 marca 2017 r., sygn. akt I FPS 9/16, w której stwierdził, iż:
„Artykuł 76 § 1 w związku z art. 76 b § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2012 r. poz. 749, ze zm.) nie daje podstawy do zaliczenia przez naczelnika urzędu skarbowego nadwyżki podatku naliczonego nad należnym w podatku od towarów i usług na poczet zobowiązań podatkowych, do których określenia, czy ustalenia właściwy jest organ jednostki samorządu terytorialnego.”