Przenoszona na kolejne okresy nadwyżka VAT nie podlega przedawnieniu
Zgodnie z najnowszym wyrokiem Naczelnego Sądu Administracyjnego (wyrok z 24 lutego 2021 r. I FSK 126/20), instytucja przedawnienia z art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej nie znajduje zastosowania w odniesieniu do przenoszenia na kolejne okresy nadwyżki VAT naliczonego nad należnym.
W przedmiotowym wyroku NSA podtrzymał stanowisko wyrażone przez WSA w Warszawie w wyroku z 5 września 2019 r., sygn. akt III SA/Wa 373/19, którym Sąd uchylił decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Warszawie z 7 grudnia 2018 r. w przedmiocie podatku od towarów i usług za okresy rozliczeniowe od grudnia 2012 r. do stycznia 2015 r.
Istotą sprawy było uznanie przez Naczelnika Urzędu Skarbowego (podzielone następnie przez Dyrektora Izby Administracji Skarbowej), iż z upływem 2009 r. nastąpiło przedawnienie deklarowanych przez Spółkę kwot nadwyżki podatku naliczonego nad należnym, wykazywanej w deklaracjach w niezmienionej wysokości od lipca 2004 r. Tym samym, zdaniem organów Spółka nie mogła dysponować przedmiotową nadwyżką między innymi w grudniu 2012 r. i w okresach następnych. Zgodnie ze stanowiskiem organów na powyższe nie miał wpływu również fakt pomniejszenia przedmiotowej nadwyżki o podatek należny wykazany w lipcu i sierpniu 2009 r.
Z takim podejściem nie zgodził się zaś WSA w Warszawie. Zarówno organy podatkowe, jak i WSA w swoich stanowiskach odwoływały się do treści uchwały Naczelnego Sądu Administracyjnego z 29 czerwca 2009 r., sygn. akt I FPS 9/08, jednak odmiennie interpretowały jej postanowienia. W uchwale tej NSA potwierdził, że art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej, stanowiący o przedawnieniu zobowiązania podatkowego z upływem 5 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku, ma zastosowanie do należności z tytułu nienależnego zwrotu podatku od towarów i usług.
WSA uznał, że z treści powoływanej uchwały należy wywieść, iż istotnie, instytucja przedawnienia ma zastosowanie nie tylko zobowiązania podatkowego, ale również do rozliczeń, w których obowiązek podatkowy w podatku od towarów i usług przekształcił się w kwotę zwrotu różnicy podatku, kwotę zwrotu podatku naliczonego lub różnicy podatku. Jednakże, wbrew twierdzeniom organów podatkowych, zdaniem WSA teza ta świadczy o tym, że każde z rozliczeń podatnika VAT, niezależnie czy stanowi zobowiązanie podatkowe, czy nadwyżkę, nie może być już zmieniane po upływie terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego za dany okres rozliczeniowy. Tym samym, w analizowanej sprawie organy podatkowe wydając swoje decyzje w 2018 r. nie mogły już wypowiadać się w kwestii nadwyżek wygenerowanych od 1994 r. do lipca 2004 r., a następnie przenoszonych do kolejnych deklaracji, bowiem zobowiązanie podatkowe za te okresy, w których wygenerowane zostały nadwyżki uległo przedawnieniu - organ więc nie mógł już ich weryfikować.
Prawidłowość takiego podejścia potwierdził w omawianym wyroku NSA. Zarówno powoływana wyżej uchwała, jak i istniejące orzecznictwo zdaniem NSA wskazuje, że organ podatkowy, analogicznie, jak w przypadku zadeklarowanego zobowiązania podatkowego, nie może, po upływie terminu przedawnienia, dokonywać weryfikacji i zmiany wysokości zadeklarowanej nadwyżki VAT. Dzieje się tak dlatego, że podatnik, po upływie okresu przedawnienia, także nie ma takiego prawa, poprzez chociażby skuteczne skorygowanie deklaracji i wystąpienie z wnioskiem o zwrot nadpłaty.
NSA w swoim wyroku podkreślił też, że w wyniku przeniesienia na kolejny okres rozliczeniowy nadwyżka VAT staje się nieodłącznym elementem ewentualnego zobowiązania podatkowego w nowym okresie rozliczeniowym, pozwalając uczciwemu podatnikowi na odliczenie VAT, a tym samym na pełne zrealizowanie zasady neutralności VAT.
Konieczne jest zatem wyraźne rozróżnienie przedawnienia kwoty nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia, rozumiane jako brak możliwości kwestionowania takiej nadwyżki wykazanej w deklaracji, zarówno przez organ podatkowy jak i podatnika, od ograniczenia w czasie prawa do przenoszenia tej nadwyżki.
