Wydatki na ekspertyzy, opinie i usługi doradcze tylko wówczas, gdy zostały nabyte od jednostki naukowej
Od 1 stycznia 2018 roku kosztami kwalifikowanymi, podlegającymi odliczeniu od podstawy opodatkowania w ramach ulgi na działalność badawczo-rozwojową są wyłącznie ekspertyzy, opinie, usługi doradcze i usługi równorzędne, które zostały nabyte na podstawie umowy od jednostki naukowej w rozumieniu ustawy o zasadach finansowania nauki.
Możliwość odliczenia usług nabywanych od podmiotów innych, niż jednostki naukowe w ramach ulgi B+R była przedmiotem sporów z organami podatkowymi w poprzednim roku. Przepis dotyczący tej problematyki, przed nowelizacją, nie był odpowiednio sprecyzowany i dookreślony. Uznawał za koszty kwalifikowane ekspertyzy, opinie, usługi doradcze i usługi równorzędne, a także nabycie wyników badań naukowych, świadczonych lub wykonywanych na podstawie umowy przez jednostkę naukową. W konsekwencji jego konstrukcja, w szczególności użycie łącznia „a także”, budziła wątpliwości, gdyż mogła wskazywać na to, że koszty z tytułu zakupu ekspertyz, opinii, usług doradczych i usług równorzędnych, mogą być kosztami kwalifikowanymi gdy będą wykorzystane na potrzeby działalności badawczo-rozwojowej, nawet jeżeli nie zostaną nabyte od jednostek naukowych. Podatnicy w składanych wnioskach o wydanie interpretacji indywidualnych podkreślali ponadto że powyższa interpretacja była zgodna m.in. z charakterem działalności badawczo-rozwojowej, w trakcie której należy nabyć także usługi, których nie można nabyć od jednostek naukowych np. doradztwa związanego z prowadzonymi pracami badawczo-rozwojowymi (por: interpretacja indywidualna Dyrektora KIS z dnia 27 marca 2017 roku, sygn. 2461-IBPB-1-3.4510.1189.2016.1.APO). Organy podatkowe, dokonując jednakże wykładki językowej przepisu w jego brzemieniu obowiązującym do końca 2017 roku, nie zgadzały się z taką argumentacją i nie uznawały za koszty kwalifikowane przedmiotowych wydatków.
Odmienne stanowisko przedstawiały natomiast sądy administracyjne. Przykładowo, WSA w Gliwicach w wyroku z 3 października 2017 roku (sygn. akt: I SA/Gl 512/17) wskazał, że tylko wyniki badań naukowych powinny być świadczone lub wykonywane na podstawie umowy przez jednostkę naukową, jeżeli podatnik zamierza skorzystać z ulgi. Do nich odnosi się bowiem warunek pochodzenia od jednostki naukowej. Natomiast ekspertyzy, opinie, usługi doradcze i usługi równorzędne, nawet jeżeli nie pochodzą od jednostki naukowej, mogą stanowić koszty kwalifikowane. To samo stanowisko zostało zaprezentowane w orzeczeniach WSA w Łodzi z dnia 19 grudnia 2017 roku (sygn. akt: I SA/Łd 914/17), WSA we Wrocławiu z dnia 26 lipca 2017 roku (sygn. akt: I SA/Wr 364/17) czy też WSA w Poznaniu z dnia 7 listopada 2017 roku (sygn. akt: I SA/Po 728/17).
W wyniku zmian treści art. 18d ust. 2 pkt.3 ustawy o CIT oraz art. 26e ust. 2 pkt 3 ustawy o PIT, wprowadzonych mocą ustawy z dnia 9 listopada 2017 roku o zmianie niektórych ustaw w celu poprawy otoczenia prawnego działalności innowacyjnej ustalono, iż od 1 stycznia 2018 roku za koszty kwalifikowane uznawane są ekspertyzy, opinie, usługi doradcze i usługi równorzędne, świadczone lub wykonywane na podstawie umowy przez jednostkę naukową w rozumieniu ustawy z dnia 30 kwietnia 2010 r. o zasadach finansowania nauki.
