Kontrola celno-skarbowa – od 1 października korzystne dla podatników zmiany w ustawie o KAS i ustawie o VAT

Nowe przepisy umożliwiają podatnikom złożenie korekty deklaracji częściowo uwzględniającej nieprawidłowości stwierdzone przez naczelnika urzędu celno-skarbowego, zawarte w wyniku kontroli celno-skarbowej, a także wskazują na możliwość złożenia deklaracji pierwotnej po wszczęciu i zakończeniu kontroli celno-skarbowej.

Z dniem 1 października weszła w życie ustawa z dnia 24 czerwca 2025 r. o zmianie ustawy o Krajowej Administracji Skarbowej oraz ustawy o podatku od towarów i usług.

Celem zmian wprowadzonych ww. ustawą było uregulowanie uprawnienia do dobrowolnego wykonywania przez kontrolowanego obowiązku podatkowego w postaci złożenia korekty deklaracji częściowo uwzględniającej nieprawidłowości stwierdzone przez naczelnika urzędu celno-skarbowego, zawarte w wyniku kontroli celno-skarbowej, a także usunięcie wątpliwości interpretacyjnych w zakresie uprawnienia do złożenia deklaracji po wszczęciu i zakończeniu kontroli celno-skarbowej, jeżeli nie została wcześniej złożona. 

Ustawa o KAS

a) Podatnik może złożyć korektę deklaracji częściowo uwzględniającej nieprawidłowości stwierdzone przez naczelnika urzędu celno-skarbowego, zawarte w wyniku kontroli celno-skarbowej.

Przepisy we wcześniejszym brzmieniu w  terminie 14 dni od dnia doręczenia wyniku kontroli dawały podatnikom możliwość złożenia korekty deklaracji uwzględniającej wyłącznie całość nieprawidłowości stwierdzonych w wyniku kontroli, jeżeli przedmiotem jest konkretne zobowiązanie podatkowe. W przypadku, gdy kontrolowany zgadzał się ze stwierdzonymi nieprawidłowościami jedynie w części, złożona przez niego korekta deklaracji jedynie w tym zakresie nie byłaby uwzględniona przez naczelnika urzędu celno-skarbowego. To natomiast skutkowałoby przekształceniem kontroli celno-skarbowej w postępowanie podatkowe, którego przedmiotem byłaby całość zobowiązania podatkowego będącego przedmiotem tej kontroli – pomimo, że podatnik po kontroli częściowo uwzględnił stwierdzone nieprawidłowości.

Nowe brzmienie przepisów daje podatnikom możliwość uwzględnienia części nieprawidłowości stwierdzonych przez naczelnika urzędu celno-skarbowego i złożenia korekty deklaracji jedynie w tym zakresie. Takie rozwiązanie ograniczy przedmiot sporu pomiędzy kontrolowanym a naczelnikiem urzędu celno-skarbowego, co w konsekwencji będzie skutkowało zawężeniem przedmiotu postępowania podatkowego przekształconego z kontroli celno-skarbowej, jeżeli naczelnik urzędu celno-skarbowego uwzględni korektę deklaracji w części, w której kontrolowany zgadza się ze stwierdzonymi w wyniku kontroli nieprawidłowościami.

b) Podatnik może złożyć deklarację po wszczęciu i zakończeniu kontroli celno-skarbowej, nawet pomimo braku jej wcześniejszego złożenia

Przepisy w nowym brzmieniu doprecyzowują, że podatnik po wszczęciu kontroli celno-skarbowej (po doręczeniu kontrolowanemu upoważnienia do przeprowadzenia tej kontroli) i po zakończeniu tej kontroli (doręczeniu kontrolowanemu wyniku kontroli) ma prawo do złożenia deklaracji - tzw. deklaracji „pierwotnej” - jeżeli nie została wcześniej złożona,

Wcześniejsze brzmienie odnosiło się do możliwości skorygowania deklaracji, co wzbudzało wątpliwości w przypadkach, gdy taka deklaracja w ogóle nie została złożona.

Ustawa o VAT

Powyższe zmiany w ustawie o KAS wpłynęły również na zmianę treści art. 112b ust. 2 ustawy o VAT, tj. regulacji w zakresie dodatkowej sankcji VAT.

Zgodnie z nowym brzmieniem tego przepisu w przypadku, gdy podatnik wcześniej nie złożył deklaracji, ale zrobi to zgodnie z art. 62 ust. 4 ustawy o KAS w terminie 14 dni od dnia doręczenia upoważnienia do przeprowadzenia kontroli celno-skarbowej i najpóźniej w dniu złożenia tej deklaracji wpłaci kwotę zobowiązania podatkowego, wówczas dodatkowe zobowiązanie zostanie ustalone na obniżonym poziomie, tj. do 15% kwoty zaniżenia zobowiązania podatkowego.

Przed zmianą w analizowanym przypadku dodatkowa sankcja VAT wynosiła do 20%.

Przepisy przejściowe

Ustawa zmieniająca precyzuje, że przepisy w pierwotnym brzmieniu będą miały jeszcze zastosowanie:

• do kontroli celno-skarbowych wszczętych i niezakończonych przed dniem wejścia w życie ustawy zmieniającej w których nie upłynął termin na skorygowanie deklaracji określony w art. 62 ust. 4 ustawy o KAS, w brzmieniu dotychczasowym;
• do kontroli celno-skarbowych, w których przed dniem wejścia w życie niniejszej ustawy doręczono wynik kontroli;
• w sprawach, w których po zakończeniu kontroli celno-skarbowej wszczętej i zakończonej przed dniem wejścia w życie niniejszej ustawy nie upłynął termin na skorygowanie w zakresie objętym tą kontrolą uprzednio złożonej deklaracji.