Wystawienie faktury poza KSeF bez wpływu na odliczenie VAT – KIS potwierdza

Dyrektor KIS potwierdza, że nowe regulacje w zakresie obowiązkowego KSeF nie wpływają na prawo do odliczenia VAT, w sytuacjach, gdy faktury, z których wynika VAT do odliczenia, wbrew obowiązkowi zostałyby wystawione poza Krajowym Systemem e-Faktur.

Mowa tu o interpretacji indywidualnej z dnia 2.01.2026 r., (0111-KDIB3-1.4012.857.2025.1.MSO). W przedstawionym zdarzeniu przyszłym spółka występująca z wnioskiem o wydanie interpretacji wskazała, że od 1 lutego 2026 r. część dostawców objętych obowiązkiem KSeF może pomimo obowiązku wystawiać faktury poza KSeF, np. z powodu błędnej oceny własnego statusu (w tym powoływania się na preferencje dla mikroprzedsiębiorców w okresie przejściowym), awarii lub niedostępności KSeF albo braków organizacyjno-technicznych po stronie dostawcy. Spółka dodatkowo podkreśliła, że jest czynnym podatnikiem VAT, a nabywane towary i usługi mają służyć czynnościom opodatkowanym i - jak zadeklarowano - nie zachodzą negatywne przesłanki z art. 88 ustawy o VAT. Spółkę interesowało potwierdzenie, czy w takich okolicznościach zachowa prawo do odliczenia VAT od tak udokumentowanych nabyć towarów i usług.

Dyrektor KIS, rozwiewając wątpliwości Spółki, przypomniał, że jedną z fundamentalnych zasad konstrukcji podatku od towarów i usług jest prawo podatnika do odliczenia podatku zapłaconego w cenie przy nabyciu towarów i usług związanych z działalnością gospodarczą opodatkowaną podatkiem VAT. Z kolei wszelkie ograniczenia prawa do odliczenia podatku naliczonego wpływają na neutralność tego podatku i mogą wynikać jedynie z wyraźnej regulacji ustawowej.

Biorąc pod uwagę przepisy ustawy o VAT, prawo do odliczenia podatku naliczonego wynikającego z faktury uzależnione jest od spełnienia warunków wynikających z przepisu art. 86 ust. 1 ustawy bądź art. 86 ust. 8 ustawy, a także od niezaistnienia przesłanek negatywnych, określonych w art. 88 ustawy. Przepis art. 88 ustawy enumeratywnie określa listę przypadków, w których podatnik został pozbawiony prawa do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego. Jednocześnie nie wymieniono w tym przepisie opisanego przez Spółkę przypadku, gdy podatek naliczony wynika z faktur dokumentujących nabycie towarów i usług, wystawionych wbrew obowiązkowi, bez użycia Krajowego Systemu e-Faktur jako przesłanki negatywnej, powodującej utratę prawa do odliczenia podatku naliczonego (w sytuacji, gdy faktura odzwierciedla prawdziwe zdarzenie gospodarcze).

Tym samym, Dyrektor KIS stwierdził, że Spółce na podstawie wspomnianych art. 86 ust. 1 bądź art. 86 ust. 8 pkt 1 ustawy o VAT będzie przysługiwało prawo do odliczenia kwoty podatku naliczonego wynikającego z Faktur Zakupowych dokumentujących nabycie towarów i usług wystawionych wbrew obowiązkowi bez użycia Krajowego Systemu e-Faktur, wykorzystywanych przez Spółkę do czynności opodatkowanych w ramach prowadzonej działalności gospodarczej. Zgodnie ze stanowiskiem Dyrektora KIS zatem wystawienie faktur zakupowych wbrew obowiązkowi bez użycia Krajowego Systemu e-Faktur, nie pozbawi Spółki prawa do odliczenia podatku naliczonego, gdyż nie stanowi to negatywnej przesłanki, uniemożliwiającej odliczenie tego podatku, wymienionej w art. 88 ustawy.

Omawiane stanowisko nie jest jedynym, które wskazuje na brak wpływu wystawienia faktury poza KSeF na prawo do odliczenia VAT z tej faktury po stronie nabywcy.

Analogiczne wnioski płyną z jeszcze nowszej interpretacji z dnia 12 stycznia 2026 r., 0112-KDIL1-3.4012.851.2025.1.KM, jak też z licznych wcześniejszych stanowisk, np.:

• 0114-KDIP1-3.4012.838.2024.1.MPA z 4 marca 2025 r.,
• 0114-KDIP1-3.4012.507.2025.1.JG z 12 sierpnia 2025 r.,
• 0113-KDIPT13.4012.833.2025.2.ALN z 13 października 2025 r.,
• 0114-KDIP1-3.4012.751.2025.1.KAB z 17 października 2025 r.,
• 0114-KDIP1-3.4012.739.2025.1.AMA z 20 października 2025 r.