Interpretacja indywidualna może być kilkukrotnie wydana w jednej sprawie
Analizując interpretacje indywidualne Ministra Finansów, można zauważyć występujące zmiany linii orzeczniczych. Często zdarza się, że organy podatkowe prezentują jednolite stanowisko do pewnego momentu, po czym wydają szereg interpretacji pozostających w opozycji do dotychczas wydawanych. Taka sytuacja miała miejsce chociażby w przypadku rozliczania w czasie kwoty czynszu inicjalnego przy umowie leasingu czy zwolnienia z podatku dochodowego kwot umorzonych zobowiązań z WFOŚiGW.
Dostrzegając możliwość uzyskania korzystanego stanowiska w swojej sprawie, podatnicy rozważają ponowne wystąpienie z wnioskiem o wydanie interpretacji indywidualnej. Powstają jednak wątpliwości, czy może być wydana kolejna interpretacja zainteresowanemu, który uprzednio uzyskał już interpretację w analogicznym stanie faktycznym. Co prawda, organ podatkowy może z własnej inicjatywy zmienić uprzednio wydaną interpretację indywidualną, jednak podatnicy zazwyczaj nie chcą na to czekać.
W wyroku z dnia 20 grudnia 2013 r. (II FSK 102/12) Naczelny Sąd Administracyjny uznał, że w sytuacji, gdy zainteresowany zwróci się z wnioskiem o wydanie indywidualnej interpretacji dotyczącej tożsamego stanu faktycznego i prawnego, który był już przedmiotem oceny we wcześniejszej interpretacji organ ma obowiązek wydać kolejną indywidualną interpretację zawierającą ocenę stanowiska wnioskodawcy.
Jak podkreślił NSA, interpretacja indywidualna nie rodzi ona dla zainteresowanego wiążących skutków prawnych, a zastosowanie się do niej zależy od woli zainteresowanego. Indywidualne interpretacje przepisów prawa podatkowego nie nakładają na zainteresowanych ich wydaniem żadnych obowiązków, ani nie przyznają praw. Nie stanowią one decyzji w rozumieniu Ordynacji podatkowej. Udzielając interpretacji, organ nie orzeka bowiem o istocie sprawy, a jedynie dokonuje oceny stanowiska wnioskodawcy do wykładni i stosowania przepisów prawa. Interpretacja indywidualna stanowi w istocie wyłącznie wymianę poglądów miedzy zainteresowanym a organem interpretacyjnym na temat zastosowania i wykładni operatywnej prawa podatkowego w relacji do określonego stanu faktycznego. Prawo do ochrony z tytułu uzyskanej interpretacji indywidualnej powstaje dopiero z powodu i w zakresie zastosowania się do niej przez jej adresata.
NSA zauważa, że Minister Finansów na wniosek zainteresowanego "wydaje", a nie "może wydać" interpretację indywidualną, wiążąc z niewydaniem jej w terminie ustawowym skutek w postaci tzw. milczącej interpretacji. Część przepisów dotyczących postępowania podatkowego ma zastosowanie w postępowaniu dotyczącym wydawania interpretacji indywidualnej. W katalogu tym brak jest jednak art. 128 Ordynacji podatkowej, konstytuującego zasadę trwałości decyzji. Z obowiązku wydania interpretacji po otrzymaniu wniosku oraz braku odpowiedniego stosowania zasady trwałości decyzji do postępowania w sprawie wydania interpretacji indywidualnej NSA wywiódł, że uprzednie otrzymanie interpretacji indywidualnej w analogicznym stanie faktycznym nie stanowi negatywnej przesłanki do wydania kolejnej interpretacji. NSA podkreśla, że przeszkodą do wydania interpretacji jest toczące się - co do elementów stanu faktycznego objętego wnioskiem strony - postępowanie podatkowe, kontrola podatkowa, postępowanie kontrolne organu kontroli skarbowej bądź rozstrzygnięcie sprawy w tym zakresie co do jej istoty decyzją lub postanowieniem organu podatkowego lub organu kontroli skarbowej. W ocenie NSA, dopuszczalne jest składanie przez tego samego wnioskodawcę tożsamych wniosków o wydanie interpretacji. W konsekwencji równoczesne funkcjonowanie dwóch interpretacji w obrocie prawnym daje się pogodzić z zasadami państwa prawa.
Stanowisko Naczelnego Sądu Administracyjnego należy ocenić pozytywnie. Słusznie NSA zauważył, iż brak jest wśród negatywnych przesłanek wydania interpretacji indywidualnej uprzedniego uzyskania interpretacji w analogicznym stanie faktycznym. Wątpliwy jest natomiast pogląd o dopuszczalności funkcjonowania dwóch sprzecznych ze sobą interpretacji indywidualnych wydanych podatnikowi w analogicznym stanie faktycznym. W takiej sytuacji organ podatkowy powinien raczej z urzędu zmienić poprzednią interpretację, dostosowując ją do nowowydanej albo wydać interpretację analogiczną jak poprzednio.