Wniosek o wydanie interpretacji indywidualnej powinien zawierać jeden stan faktyczny

Analizując interpretacje indywidualne Ministra Finansów można zauważyć, iż podatnicy często w jednym wniosku przedstawiają kilka stanów faktycznych lub złożony stan faktyczny. Wydając interpretacje indywidualne organy podatkowe niekiedy w odpowiedzi na jeden wniosek wydają kilka interpretacji indywidualnych. Interpretacje zawierają sformułowania np. w zakresie pytania nr x lub stanu faktycznego y została wydana odrębna interpretacja o sygnaturze xyz. Zdarza się jednak, że organ podatkowy w jednej interpretacji uznaje stanowisko wnioskodawcy w pewnej części za prawidłowe, a w pewnej części za nieprawidłowe.
Uzyskując częściowo negatywne stanowisko wnioskodawcy składają skargę na interpretację indywidualną zaskarżając ją w negatywnej części oraz żądają jej uchylenia w zaskarżonej części. Taka skarga na interpretację indywidualną nie zostanie jednak rozpatrzona w sposób, w jaki oczekuje tego skarżący. Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z dnia 20 grudnia 2013 r. sygn. II FSK 78/12 uznał, iż wojewódzkie sądy administracyjne nie posiadają umocowania prawnego do uchylenia zaskarżonej indywidualnej interpretacji w części. Pomimo zaistnienia w interpretacji indywidualnej wielu odrębnych stanów faktycznych lub zdarzeń przyszłych wymagających odpowiedzi, indywidualna interpretacja wydawana przez organ interpretacyjny ma charakter niepodzielny (jednolity). Naczelny Sąd Administracyjny zwraca uwagę, że stosownie do treści art. 146 § 1 ustawy prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi, sąd I instancji uwzględniając skargę na interpretację indywidualną uchyla ją.
Biorąc pod uwagę ww. orzeczenie należy uznać, iż wojewódzki sąd administracyjny uwzględniając skargę na interpretację indywidualną uchyla ją w całości, tj. zarówno w części korzystnej jak i niekorzystnej dla wnioskodawcy. Oznacza to, że nieprawidłowym jest – zwłaszcza z punktu widzenia poprawnego sporządzenia skargi - zaskarżenie interpretacji indywidualnej w części oraz żądanie jej częściowego uchylenia.
Chcąc uniknąć sytuacji, gdy w wyniku uchylenia interpretacji w całości podatnik nie korzysta z ochrony w części w jakiej uprzednio uzyskał pozytywne stanowisko, przy złożonych stanach faktycznych, należy w odniesieniu do każdej części stanu faktycznego złożyć odrębny wniosek. W ten sposób wnioskodawca zmusi organ podatkowy do wydania kilku interpretacji. Nawet uzyskując negatywne stanowisko w jednej interpretacji odnośnie części złożonego stanu faktycznego, podatnik korzystał będzie z ochrony w pozostałej części stanu faktycznego wynikającej z odrębnej interpretacji, która nie została zaskarżona.